२०४९ सालमा पाँचौ महाधिवेशन सकिएपछि नेपालमा एमालेको शक्ति र महासचिव मदन भण्डारीको क्रेज ह्वात्तै चुलियो । संसदमा एमालेको सशक्त उपस्थिति र मदन भण्डारीको सम्बोधनले एमालेलाई हेर्ने दृष्टिकोण परिवर्तन भएको थियो । पाँचौ महाधिवेशनपछि एमाले संसदीय राजनीतिमा अभ्यस्त हुन थालिसकेको थियो । तर त्यही क्रममा ०५० जेठ ३ गते दासढुंगामा जीप दुर्घटना हुँदा मदन भण्डारी र जीवराज आश्रितको निधन भयो । 

त्यसपछि दोस्रो वरियता क्रममा रहेका माधवकुमार नेपाल महासचिव बनाइए । उनी निरन्तर १४ वर्ष महासचिव भइरहे । ०६४ चैत २८ गते सम्पन्न संविधानसभाको पहिलो चुनावमा पार्टीको खराब नतिजा आएपछि उनले ०६५ बैशाख १ गते पदबाट राजीनामा दिएका थिए । 

सोही महिनाको १५ गतेदेखि बसेको पार्टी बैठकले पहिलो दिन नै उनको राजीनामा स्वीकृत गरेको थियो । २०५० सालमा मदन भण्डारीको जीप दुर्घटनामा मृत्यु भएपछि एमालेले त्यसलाई हत्या भन्दै देशव्यापी आन्दोलन गर्यो । तर त्यो हत्या हो या दुर्घटना हो भन्ने बारेमा एमाले अहिलेसम्म अलमलमै छ । 

२०५१ सालमा मुलुकमा मध्यावधि निर्वाचन भयो । त्यो निर्वाचनपछि एमाले ८८ सीट जितेर मुलुकको सबैभन्दा ठूलो दल बन्यो । पहिलो दल भएको हैसियतले एमालेले अल्पमतको सरकार बनायो । संसदको ठूलो दलको हैसियतले अल्पमतको सरकार बनाएको एमालेका तत्कालीन अध्यक्ष मनमोहन अधिकारी प्रधानमन्त्री बने । महासचिव माधवकुमार नेपाल उपप्रधानमन्त्री भए । अध्यक्ष र महासचिव नै सरकारमा गएपछि वामदेव गौतमलाई पार्टीको विधानमा नै नभएको उपमहासचिव पद सिर्जना गरेर पार्टीको कामको जिम्मेवारी दिइयो । पछि त्यो पद खोसियो । 

त्यसबेला नै हो वृद्ध भत्ता जस्ता सामाजिक सुरक्षा भत्ता शुरु गरेर एमालेले थप लोकप्रियता हासिल गर्यो । तर त्यो सरकार नौ महिना मात्रै टिक्यो । त्यसपछि कांग्रेसका नेता शेरबहादुर देउवाको नेतृत्वमा सरकार बनेपछि एमालेमा विवाद, द्वन्द्व र आन्तरिक लफडाहरु शुरु भए । नौ महिने शासनकै बेलामा सरकारमा जान नपाएका र पार्टी सत्तामा रहेका नेताहरुबीच द्वन्द्व कायमै थियो । 

शेरबहादुर देउवाको सरकारले महाकाली सन्धि संसदमा पेश गरेपछि एमालेभित्र द्वन्द्वको आगो भित्रभित्रै सल्किन थाल्यो । महाकाली सन्धिमा एमालेभित्र ठूलो द्वन्द्व कायमै थियो । त्यही बीचमा एमालेले शेरबहादुर देउवाको सरकार ढालेर राप्रपाका नेता लोकेन्द्रबहादुर चन्दको नेतृत्वमा सरकारमा गयो । 

सो सरकारमा एमालेका स्थायी कमिटी सदस्य वामदेव गौतमलाई उपप्रधानमन्त्री र गृहमन्त्री बनाएर सरकारमा पठायो । यसले पनि एमालेभित्र विवादको नयाँ आयाम निकाल्यो । २०५४ सालमै चन्द–एमाले सरकारले स्थानीय निकायको निर्वाचन गराएको थियो । त्यो निर्वाचनमा एमालेले आशतित सफलता हासिल गरेको थियो । स्थानीय तहको स्थानीय तहको निर्वाचन सकिएपछि एमालेभित्र महाधिवेशनको रौनक शुरु भयो । त्यतिबेला एमाले महासचिव माधवकुमार नेपालले केपी शर्मा ओलीलाई राजनीतिक प्रतिवेदन लेख्ने जिम्मेवारी दिएका थिए । 

तर वामदेव गौतमले निहुँ खोजेपछि उनलाई पनि राजनीतिक प्रतिवेदन लेख्न दिए । अन्ततः महाधिवेशनको हलमा ओलीको शक्ति सन्चय र गौतमको प्रगतिशील सुधार सम्बन्धी दुवै दस्तावेज पेश भए । ओलीको शक्ति सञ्चय पास भयो गौतमको पराजित भयो । 

त्यसबेला नेपालले ओली र गौतमलाई भिडाएका थिए । ४ असोज २०५३ मा संसद्बाट दुई तिहाइ बहुमतले महाकाली सन्धि पारित गरेसँगै एमालेभित्र देखिएको विवादलाई यी दुई नेताले महाधिवेशनमा आमुन्ने सामुन्ने भएर छलफल गर्ने क्रममा पार्टीभित्र थप विवाद निम्त्याए । 

२०५४ सालसम्म आइपुग्दा पार्टीभित्र वामदेव गौतम र केपी ओली पक्षवीच दूरी बढ्दै गएको थियो । पार्टीभित्र संस्थापन पक्ष र सीपी मैनाली पक्षवीच अन्तरसंघर्ष चर्किइरहेकै थियो । जबज पक्षमै भए पनि ओली समूहको लखेटाइमा परेका वामदेवले आफू जबजको पक्षधर हुँदाहुँदै पनि नौलो जनवादी धारका सीपी मैनालीलाई साथमा लिएर प्रगतिशील सुधार सम्बन्धी राजनीतिक प्रतिवेदन तयार पारे । 

त्यहाँ सीपी मैनालीले पनि गौतमलाई उपयोग गरे । महाकाली सन्धिको बेला एमालेका अध्यक्ष मनमोहन अधिकारी, राधाकृष्ण मैनाली, सहाना प्रधान, हिरण्यलाल श्रेष्ठ, पद्यरत्न तुलाधार लगायतका सांसदहरु अनुपस्थित भएका थिए । 

महासचिव माधवकुमार नेपाल र केपी शर्मा ओली जसरी पनि यो सन्धि पास गराउने पक्षमा थिए । यसले पार्टीभित्र ठूलो विग्रह ल्याएको थियो । त्यही क्रममा दुई नेताहरु ओली र गौतमले राजनीतिक दस्तावेज सम्बन्धी देशव्यापी रुपमा बहस सिर्जना गरेपछि पार्टीभित्र ठूलै हलचल मच्चिएको थियो । 

करिब एक महिना राजनीतिक प्रतिवेदनमै छलफल भएको थियो । संगठित सदस्यहरुलाई वितरण गरेर व्यापक बहस सिर्जना गरिएको थियो । गौतमको राजनीतिक प्रतिवेदनमा ओलीमाथि राष्ट्रघाती भएको आरोप लगाइएको थियो । त्यसले गर्दा पार्टीभित्र झन् विग्रह उत्पन्न मात्रै गराएन नेताहरुबीच तिक्ततासमेत बढायो । 

माघको पहिलो साता दुई पक्षबीच प्रतिनिधि छनौटको क्रममा झडपसमेत भयो ।  तत्कालीन विद्यार्थी नेताहरु योगेश भट्टराई र रुपनारायण श्रेष्ठलाई महाधिवेशन अघि प्रतिनिधि जानबाट बञ्चित गरिएको थियो । 

त्यतिमात्र होइन नेपालगञ्ज पुग्नु अगावै उनीहरुमाथि १० वर्ष पार्टी काममा फर्कन नपाउने गरी कारवाही गरेपछि विवाद झन् चर्कियो । नेपालगञ्जले पार्टीका नेताहरुबीच यो विषयले ठूलै विवादको रुप लियो अन्ततः दुवै नेताहरुको कारबाही फुकुवा भयो । 

यसरी २०५४ माघ १२–१८ मा एमालेको छैटौं महाधिवेशन नेपालगञ्जमा सम्पन्न भयो । छैटौं महाधिवेशनमा पुग्दा पार्टीले एकातिर आफ्ना निर्णयहरुलाई पाँचौं महाधिवेशनको नीतिहरुको निरन्तरता हो भनेर दाबी गर्यो भने अर्कोतिर ‘जनताको बहुदलीय जनवाद’ स्वयं नै क्रान्तिहरुको सिद्धान्त हो भन्ने घोषणा गर्यो । महाधिवेशनले माधव नेपाल नेतृत्वमा केन्द्रीय कमिटी चयन गर्यो ।

पाँचौं महाधिवेशनमा नेकपा एमालेले शान्तिपूर्ण संघर्षद्वारा कम्युनिष्ट पार्टी सरकारमा गएर प्रगतिशील सुधार गर्नेसम्मको हदसम्म मात्रै अगाडि जान सक्छ, क्रान्तिका लागि भने बल प्रयोग गर्नैपर्छ भनेर किटानी गर्यो । तर छैटौं महाधिवेशनपछि पार्टीले कुनै पनि दस्तावेजमा ‘बल’ प्रयोग गर्नुपर्ने कुरा उल्लेख गरेको छैन ।

नेपालगञ्जमा छैटौं राष्ट्रिय महाधिवेशन सम्पन्न भएपछि पार्टी सग्लो रहेन । त्यस महाधिवेशनका लागि राजनैतिक प्रतिवेदन, संगठनात्मक प्रस्ताव, विधान माथिको संशोधन प्रस्ताव, जनताको बहुदलीय जनवादको कार्यनीति तथा जाति, भाषा, धर्म र संस्कृति सम्बन्धी नीति आधिकारिक दस्तावेजका रूपमा छलफलमा लगिएका थिए । राजनीतिक प्रतिवेदन र कार्यनीति सम्बन्धमा फरक मतको दस्तावेज पनि छलफलमा लगिएको थियो । 

महाधिवेशनले विगत पाँच वर्षको सिंहावलोकन सहितको राजनीतिक प्रतिवेदन पारित गरी त्यसका आधारमा पार्टीको विधान, संगठनात्मक प्रस्ताव र कार्यनीतिलाई पुनव्र्यवस्थित गर्नुका साथै अन्य कतिपय विषयहरूमा नीतिगत स्पष्टता हासिल गर्ने अपेक्षा गरिएको थियो ।

विकृति र विसंगतिका विरुद्ध संघर्ष गरौं, विचारधारात्मक रूपमा पार्टीलाई एकताबद्ध पारौं भन्ने उद्घोषका साथ नेपालगञ्जमा आयोजना भएको महाधिवेशनमा देश तथा विदेशका वरिष्ठ नेताहरू तथा प्रतिष्ठित व्यक्तित्वहरूको उपस्थिति रहेको थियो । 

संगठित पार्टी सदस्यहरू मध्येबाट १८० बराबर एक जनाका दरले महाधिवेशनमा करिब ९०० प्रतिनिधिहरू सहभागी भएका थिए । महाधिवेशनले मनमोहन अधिकारी अध्यक्ष र माधव नेपाल महासचिव रहेको केन्द्रीय कमिटी निर्वाचित गर्यो । 

यद्यपि पार्टी भित्रका विवादहरु भने पूर्णतः अन्त्य भएनन् । फलतः २०५४ फागुन २१ गते पार्टी विभाजन भयो । झण्डै चार वर्षको तीव्र विवाद पछि २०५८ फागुन ४ गते पार्टीमा पुनः एकता कायम भयो ।